Однажды старшеклассник Минаками Юкито и его подруга детства Вакацуки Котоми приходят в школу и узнают, что их одноклассница покончила с собой, спрыгнув с крыши. Вскоре среди учеников распространяется слух о том, что её смерть была предвестием конца света 20 июля 1999 года, предсказанного Нострадамусом. А ещё через пару дней люди вокруг начинают сходить с ума и создают апокалиптический культ. И управляет им тот, от кого это ожидалось меньше всего...

Весна, сакура в полном цвету. Она цветёт точно так же, как и год, и как тысячу лет назад. Но для протагониста игры, Кусанаги Наои, в этом году она иная: под её цветущей сенью он хоронит своего отца, знаменитого на весь мир художника, и таким образом остаётся полным сиротой. Это и другие обстоятельства вынуждают его переехать к своему лучшему другу Нацуме Кею. Начинается новый учебный год, и перед Наоей из ниоткуда снова появляется давно переехавшая в другой город его подруга детства Мисакура Рин, что отзывается в нём большой болью. Что принесёт ему скрытое за занавесом танцующих лепестков сакуры судьбоносное (или же роковое?) воссоединение? «Стих Сакуры» — история про любовь, верность, самоотверженность и силу духа, про храбрость идти по жизни, это история про людей, которые остановились, и про людей, которые идут дальше. Сможешь ли ты услышать частицу вечности в этом Стихе Сакуры?

Вечером 12-го июля 2012 года старшеклассница по имени Такасима Закуро совершает самоубийство. На первый взгляд это кажется всем закономерным последствием травли со стороны одноклассников, пока не всплывает, что прямо перед смертью Такасима Закуро предсказала приближение конца света.

Учителя пытаются скрыть от общественности очевидную связь между самоубийством Закуро и произошедшим ранее самоубийством еще одного старшеклассника. А школьники тем временем до смерти напуганы, ведь пророчество Закуро странным образом коррелирует с пророчеством интернет-предсказателя Web Bot Project, по слухам имеющего возможность анализировать коллективное бессознательное всего человечества. Кроме всего прочего, похоже, вся школа получает от покойной Закуро пугающие послания с обратным отсчетом до даты конца – 20-го июля.

История подается с точек зрения шести персонажей, каждый из которых играет свою роль в разворачивающихся событиях. И каждая версия произошедшего сильно отличается от других…