Людской мир. Примерно наши дни. Идёт расцвет эры технологического развития, в чём лидирующие места в Японии занимают компании «Митака Керамикс» и «Millenium Heavy Industries» (MHI). Сюжет игры разворачивается в городе Тэнгё, где расположилась штаб-квартира MHI.

В этом городе также находится и Старшая школа №2, в которой учатся наш герой и его друзья, Кайто и Акари. И вот однажды, немного послонявшись по округе и немного подравшись, они все возвращались по домам, как неожиданно попали в странное искажение пространства. Потеряв сознание и увидев сон о «Море первоначальной крови», Шуя очутился в неизвестном ему здании. Спустя некоторое время он смог обнаружить и своих друзей, с которыми начал искать выход из этого здания, в котором повсюду шныряли всякие слабые монстры «создатели» (типа слизи, любящей раздевать неуклюжих девчат). Пока наконец не напоролись на тамошнего босса и чуть не погибли. Но им на счастье в Шуе проснулась неведомая сила – управление кровью. С её помощью они одолели босса, а неведомый голос направил их к порталу, ведущему в родной мир.

Шли дни, и в новостях начали мелькать сообщения об странном инциденте с чёрным туманом в городе. А наши герои, ведомые любопытством и жаждой приключений, решили вновь пройти через тот портал, чтобы немного поизучать неведомый мир. По мере изучения каждый из них смог открыть в себе сверхспособности, и ребятишки наигрались вдоволь, решив забить на исследование этого мира, осознав его опасность.

Но судьба уже связала их с этим миром, и вот на связь с ними вышла Кашиваги Наруми (глава студсовета их школы), которая и рассказала правду о том, что скоро город Тэнгё начнёт проваливаться в тот мир, который зовётся «мир Вайбин». Решив не сидеть в стороне, ребята вновь отправляются туда, чтобы спасти людей, которые попадут в этот инцидент, в результате чего оказываются в ловушке этого мира, вместе со всем городом Тэнгё, а также упавшей туда школой.

Стараясь защитить себя и остальных учащихся, они втягиваются в битву между ангелами и демонами, которые, как оказалось, давно ведут битву за этот мир. И теперь им предстоит решить, стоит ли им встать на чью-то сторону, или же остаться самим по себе. Какой будет правильный выбор, и куда же он приведёт? Станет ли Шуя «Героем» ангелов, либо же Владыкой Демонов.

Судьбоносное решение ещё только впереди…

После внезапного землетрясения священная реликвия храма оказывается разбитой на части, и город Сиромицугава заполняют артефакты из иного мира, дающие своим владельцам суперспособности. Двое одноклассников, Ниими Какэру и Кудзё Мияко, тоже получившие магические силы, решают объединиться, чтобы собрать все потерявшиеся артефакты. Ведь кто знает, с каким умыслом их могут использовать?

Хакуоро был тяжело ранен и потерял память. Очнулся он в тихой горной деревушке, где его приютила семья, состоящая из двух сестёр и их бабушки. Постепенно он оправился от ран и стал считать эту деревню своим домом, но так ничего и не вспомнил. Для него началась новая жизнь. Но когда местный правитель угрожает мирной жизни Хакуоро и его новоявленной семьи, ему приходится вступить на тропу войны, хаоса и судьбы, гораздо более величественной, чем он мог себе представить.

Даже в самой благополучной обстановке люди не всегда могут найти себя и своё счастье. Тэннодзи Котаро, учащийся в престижной школе Кадзамацури, самого экологического города мира, стоит на перепутье. С родителями-трудоголиками он видится редко, из друзей у него остались лишь подруга детства, Камбе Котори, и школьный хулиган, Харухико Ёсино, а воспоминания прошлых беззаботных лет пусты и туманны. Не желая упускать юность, Котаро загорается идеей возродить школьный оккультный клуб и затащить туда своих знакомых, где они могли бы выполнять различные квесты, веселиться от души и просто укреплять свою дружбу. Однако, пытаясь обустроить свой идиллический очаг, Котаро начинает ощущать присутствие некой тайны, связывающей его знакомых, Кадзамацури, его собственную мистическую способность "перезаписи" и отрывок воспоминаний, потерянный десять лет назад...

Ученик старшей школы, Эмия Широ, становится невольным участником так называемой «войны Святого Грааля», время от времени проходящей в японском городе Фуюки. Это борьба семерых магов за обладание легендарным артефактом – Святым Граалем, который исполнит любое желание победителя и, таким образом, изменит его судьбу. Каждый маг с момента своего начала участия в войне призывает слугу – одну из великих героических душ прошлого или будущего – сражающегося на стороне своего хозяина. Есть семь слуг, все они принадлежат к разным боевым классам: мечник (Сэйбер), лучник (Арчер), копейщик (Лансер), всадник (Райдер), берсеркер, убийца (Ассасин) и маг (Кастер). Битва ведется до тех пор, пока не останется одна пара мастера и слуги. Эмия Широ против собственной воли призывает мечницу – слугу, поставившую себе цель добраться до Грааля любым путём. Однако, он не желает участвовать в битве, так как в прошлой войне потерял всех своих родных. Эмии начинает помогать Тосака Рин – сильный маг, которая учится в той же школе, что и Широ. Но правила войны Святого Грааля указывают на то, что рано или поздно им предстоит сразиться между собой, а наиболее возможный исход для проигравшего – смерть.

Шики Тоно, спустя несколько лет возвращается жить в фамильное поместье семьи Тоно. Из-за слабого здоровья ему пришлось жить у дальних родственников, но теперь, после смерти отца, сестра неожиданно предложила ему перебраться в поместье. С утра он уходит в школу, откуда он должен будет вернуться уже в поместье и наконец увидеться с сетрой, которую столько лет не видел. Из-за приступа анемии ему приходится уйти с занятий пораньше, в который раз заставив поволноваться немногих своих друзей.

Он уходит с урока и направляется в фамильное поместье. Решив срезать дорогу, он попадает в парк, где его внимание привлекает необычайной красоты девушка с светлыми волосами и красными глазами, решительно направляющаяся куда-то по своим делам. Как только Шики её увидел, он тут же почувствовал непреодолимое желание... убить её.