Kanon посвящён нескольким девушкам, связанных прошлым с главным героем Юичи Аидзавой, который спустя семь лет отсутствия возвращается в родной город. У Юичи не сохранилось воспоминаний о том времени, когда он жил здесь. Его родители далеко за границей, поэтому он останавливается в доме своей тёти Акико Минасэ и двоюродной сестры Наюки. Понемногу, день за днём, к Юичи возващается память о его старых знакомых и о том, что произошло в его детстве.