Весна, сакура в полном цвету. Она цветёт точно так же, как и год, и как тысячу лет назад. Но для протагониста игры, Кусанаги Наои, в этом году она иная: под её цветущей сенью он хоронит своего отца, знаменитого на весь мир художника, и таким образом остаётся полным сиротой. Это и другие обстоятельства вынуждают его переехать к своему лучшему другу Нацуме Кею. Начинается новый учебный год, и перед Наоей из ниоткуда снова появляется давно переехавшая в другой город его подруга детства Мисакура Рин, что отзывается в нём большой болью. Что принесёт ему скрытое за занавесом танцующих лепестков сакуры судьбоносное (или же роковое?) воссоединение? «Стих Сакуры» — история про любовь, верность, самоотверженность и силу духа, про храбрость идти по жизни, это история про людей, которые остановились, и про людей, которые идут дальше. Сможешь ли ты услышать частицу вечности в этом Стихе Сакуры?

В недалёком будущем неожиданный подъём уровня моря поглотил большую часть наследия человечества.

Икаруга Нацуки — студент, потерявший несколько лет тому назад мать и одну из ног в результате несчастного случая, разочаровывается в напряжённой городской жизни и решает вернуться в свой старый дом на побережье, но обнаруживает, что тот наполовину ушёл под воду.

Чтобы хоть как-то обеспечить себе новую жизнь, расквитавшись с долгами умершей бабушки, ему приходится принять предложение подозрительной «коллекторши» по имени Кэтрин. Вместе они отправляются в экспедицию к затонувшим развалинам лаборатории, принадлежавшей бабушке Нацуки, дабы найти некое сокровище, которое, по слухам, она там оставила. Однако вместо богатства или драгоценностей они обнаруживают саркофаг со спящей внутри девушкой-роботом...