Ученик старшей школы, Эмия Широ, становится невольным участником так называемой «войны Святого Грааля», время от времени проходящей в японском городе Фуюки. Это борьба семерых магов за обладание легендарным артефактом – Святым Граалем, который исполнит любое желание победителя и, таким образом, изменит его судьбу. Каждый маг с момента своего начала участия в войне призывает слугу – одну из великих героических душ прошлого или будущего – сражающегося на стороне своего хозяина. Есть семь слуг, все они принадлежат к разным боевым классам: мечник (Сэйбер), лучник (Арчер), копейщик (Лансер), всадник (Райдер), берсеркер, убийца (Ассасин) и маг (Кастер). Битва ведется до тех пор, пока не останется одна пара мастера и слуги. Эмия Широ против собственной воли призывает мечницу – слугу, поставившую себе цель добраться до Грааля любым путём. Однако, он не желает участвовать в битве, так как в прошлой войне потерял всех своих родных. Эмии начинает помогать Тосака Рин – сильный маг, которая учится в той же школе, что и Широ. Но правила войны Святого Грааля указывают на то, что рано или поздно им предстоит сразиться между собой, а наиболее возможный исход для проигравшего – смерть.

Шики Тоно, спустя несколько лет возвращается жить в фамильное поместье семьи Тоно. Из-за слабого здоровья ему пришлось жить у дальних родственников, но теперь, после смерти отца, сестра неожиданно предложила ему перебраться в поместье. С утра он уходит в школу, откуда он должен будет вернуться уже в поместье и наконец увидеться с сетрой, которую столько лет не видел. Из-за приступа анемии ему приходится уйти с занятий пораньше, в который раз заставив поволноваться немногих своих друзей.

Он уходит с урока и направляется в фамильное поместье. Решив срезать дорогу, он попадает в парк, где его внимание привлекает необычайной красоты девушка с светлыми волосами и красными глазами, решительно направляющаяся куда-то по своим делам. Как только Шики её увидел, он тут же почувствовал непреодолимое желание... убить её.